(1) 在各省市、自治区划定的批次资格线上，根据各省市招办规定的比例投档。根据分数优先原则，严格按照考生的专业志愿顺序依次择优录取(各专业之间无志愿级差分)。
(2)如果考生填报的专业志愿无法被录取，但服从专业调剂的，将调剂到我校在该省市同批次尚未完成计划的专业。高考投档成绩无法满足所填报的专业志愿，又不服从调剂的，作退档处理。
(3)上海考生在专业调剂阶段，学校将参考使用考试院提供的考生综合素质评价信息，将其作为考生在相应专业组未完成计划的专业中进行调剂的参考依据，参考办法按照《上海中医药大学普通高中学生综合素质评价信息使用办法》执行。浙江考生投档及录取按照浙江省相关规定执行。
(4)实行综合改革试点省市的考生，所报专业或专业组须符合该专业或专业组对选考科目的要求。
(5)专业录取时，同分条件下参考外语成绩;外语成绩相同者，参考语文成绩;外语、语文成绩均相同者，参考数学成绩;外语、语文、数学成绩均相同者，依次参考选考科目中的最高分、次高分。
(6)中医学 (5+3一体化 针灸推拿英语方向)专业要求外语高考成绩达到满分的70%及以上;药学(中英合作)专业要求外语高考成绩达到满分的60%及以上。